V roce 1316 Jindřich z Lichtenburka stvrdil listem daným v drobovické komendě, že jeho otec Oldřich daroval ves klášteru v Sedlci. Jméno Chotušice bylo používáno od pol. 14. století. Podle prof. Profouse (Místní jména v Čechách) se název vsi změnil tak, že lidé projíždějící po zemské stezce, po Horušicích a Žehušicích označovali Chotovice jako Chotušice, což se ovšem tehdy psalo Chotussice. Pravopis zpětně ovlivnil výslovnost a ta se znovu uplatnila i v psané formě. Sedlecký klášter založil v Chotusicích probošství a farní kostel. Z této gotické doby se zachovalo tehdejší presbyterium /kněžiště/- dnešní sakristie a pravděpodobně i zdivo dnešního presbyteria – původní lodi. Věž je gotická do výše prvního poschodí. Mimo farní kostel tu bylo ještě probošství sv. Prokopa jako hospodářství mnichů cisterciáků ze Sedlce, pravděpodobně též s kaplí sv. Prokopa. Soudě podle výše desátku 18 grošů českých v letech 1352 – 1405 byla zdejší fara čtvrtá i svým významem na Čáslavsku, po Čáslavi, Starkoči a Třeboníně. Kněze dosazovala vrchnost, tedy opat kláštera Sedleckého. R. 1362 dosadil po zesnulém faráři Petrovi Jana z Parchperka. Osedlí /tedy sedláci/ zde byli Nic. Meltawer a Wessel /čtvrt a půllánu a půllán/. Podle zprávy k r. 1368 se z některých polí v Chotusicích platil úrok klášteru Sedleckému /Čelákovský, klášter Sedlecký 31/. Koncem 14. století si faráři /též plebáni/ často své fary či plebánie mezi sebou měnili – r. 1389 kněz Jan s knězem Petrem od sv. Michala v Praze se souhlasem opata v Sedlci, po roce zase Petr s Konrádem z Krupé, ten v roce 1392 s Petrem z Třebonína, později sem znovu přišel kněz Konrád. Takové praktiky mimo jiné káral Jan Hus. Roku 1401 měnil opět chotusický kněz Konrád s knězem Janem. Chotusice stále patřily Sedleckému klášteru, r. 1408 opat Jakub zapsal platy bratřím Prokopu a Františku Eldreisům. V husitských válkách nesly Chotusice osud své vrchnosti – Sedleckého kláštera. Roku 1421 Jan Želivský ves zpustošil a rozbořil proboštovnu. Teprve po patnácti letech od tohoto zpustošení byly císařem Zikmundem Chotusice zapsány Janu Chotouňovi Žehušickému z Nestajova. Od roku 1436 tak měly definitivně světskou vrchnost a staly se součástí žehušického panství.
Světská vrchnost
Václav Žehušický z Nestajova, poslední z této vrchnosti, /velmi prchlivý – v r. 1533 zabil mečem nádvorníka Jana v Druhanicích/, dostal znovu Chotusice připsány od Ferdinanda I. r. 1541. Farář Vojtěch, zřejmě podobojí, měl s kutnohorskou konzistoří /sídlili tam dva biskupové/ nějakou rozepři v r. 1545. Mezi tím se Václav Žehušický zapletl do vzpoury českých stavů proti císaři a panství mu bylo konfiskováno v r. 1547. V r. 1548 se v Chotusicích uvádí farář Bartoloměj. Nový kupec panství Kaplíř ze Sulejovic, zdá se, nechtěl platit a tak v r. 1549 zapsal císař Ferdinand Chotusice Karlovi ze Žerotína. Ten měl žehušické panství do r. 1558, pak do r. 1564 Zdeněk Meziříčský na Ledči. /Cínová křtitelnice v chotusickém kostele podle nápisu ze ztraceného víka, který byl přepsán a uložen v Archivu Národního muzea, je právě z r. 1564/. Do roku 1598 byli vrchností na žehušickém panství pánové z Donína. Roku 1583 působil v Chotusicích farář podobojí Pavel, rodák z Kutné Hory, který si tam koupil i dům, protože “chtěl manželku a dítky své opatřiti a je před vlky hltavými tohoto světa ochrániti”. Roku 1598 koupil celé panství od pánů z Donína Adam starší z Valdštýna. Náhrobní kameny, zazděné ve staré hřbitovní zdi u chotusického kostela, jsou někdy připisovány Žehušickým z Nestajova, nelze z nich však vyčíst nic než tři letopočty: jednou 1594 a dvakrát 1595. Z této doby jsou zajímavé zprávy o zločincích a jejich potrestání, uváděné ve smolných knihách. Podle zápisu v Kutnohorské smolné knize byl r. 1561 útrpným právem vyslýchán a odsouzen šestnáctinásobný vrah, loupežník a zloděj Kuba, syn nebožtíka Zoula ze Souňova, který se dopustil zločinu i v Chotusicích. O vykonání rozsudku je zapsáno “umřel sa odřín a kolem zbit, do něho vpleten”. Za krádeže byl v r. 1567 vyslýchán trápením pálením Václav jinak Vašek “neví sám odkud jest než syn jest nějakýho Vondry jako jest pastuchou v Kobylnicích” a oběšen. Při výslechu uvedl jako jednoho z překupníků, u nichž kradené věci schovával, svého strýce Tomáše pastuchu, rodem z Rohozce. Po dvou dnech byl trápením na kozlu vyslýchán Martin Vrtal pastucha v Chotusicích, rodem z Chotusic, o němž před tím Jan Skalník z Rohozce (“býval v Rohozci rychtářem”), rodem z Třebechovic, jedenáctinásobný vrah a zloděj, vypověděl při trápení: “A ten nebožtík Tomášek a tento Vrtal pastucha, voni nad námi hejtmané byli a když kázali koho zabíti, my sme ho hned zabili a když sme nechtěli, tehdy stáli hned vokolo nás s voštípy a chtěli nás zabíti”. Vrtal byl za osm vražd (z toho dvou žen) a krádeže “vohnivými kleštěmi trhán a odřín a potom na rožeň strčen”.
